Trường
THPT Hiệp Thành thành lập theo Quyết định số 2982/QĐ-UB-VX ngày 22 tháng 5 năm
1999 của UBND Thành phố Hồ Chí Minh. Quận 12 là Quận được thành lập và tách ra
từ Huyện Hóc Môn vào năm 1997, phần nhiều là khu vực nông nghiệp. Khi Quận 12
tách ra từ Hóc Môn thì có một trường THPT đó là Thạnh Lộc của Huyện Hóc Môn thuộc
về địa bàn Quận 12. Năm 1999 là năm giáo dục của Thành phố, Quận 12 bắt đầu xây
mới trường THPT đầu tiên của Quận tại khu vực Phường Hiệp Thành.
Theo kế hoạch,
trường sẽ khánh thành và khai giảng năm học mới vào đầu tháng 9 năm 1999. Tuy
nhiên do chậm trễ trong quá trình thi công, đến tháng 11/1999, trường mới khánh
thành và đưa vào hoạt động.
Vì vậy, Thầy
và trò trường THPT Hiệp Thành phải học tạm tại Trường THCS Tân Thới Hiệp - cách
trường Hiệp Thành đang xây dựng 100m - và khai trường tại đây vào Chủ nhật ngày
5 tháng 9 năm 1999.
Trường đặc
biệt được sự quan tâm của Quận nên hầu hết lãnh đạo Quận, lãnh đạo 10 phường của
Quận đã đến chung vui trong ngày khai giảng cùng lãnh đạo Sở GDĐT TP Hồ Chí
Minh.
Trường THPT Hiệp Thành được xây dựng trên
vùng đất Nông nhiệp của HTX Nông Nghiệp Hiệp Thành có diện tích 9.000m2
...
Vì là vùng
đất nông nghiệp nên chung quanh là đồng cỏ nuôi bò, trồng cây kiểng và rau...
đường sá hoàn toàn đất đỏ, nắng thì bụi, mưa thì nước đọng và sình lầy, ban đêm
thì hơn 100m đường mới có một bóng le lói. Khi thành lập trường, Sở GDĐT cử Thầy
Hồ Đắc Anh - Phó Phòng Giáo Dục Quận 10 - về làm Hiệu trưởng và Thầy Phạm Văn
Tiến, giảng viên trường Trung học Sư Phạm, làm Phó Hiệu Trưởng. Thầy Cô giáo về
công tác gồm 32 người, hầu hết là giáo sinh mới ra trường Đại Học Sư Phạm, vài
Thầy Cô chuyển từ THCS lên THPT, vài Thầy Cô giáo cũ từ trường Nguyễn Hữu Cầu
và Thạnh Lộc xin chuyển về trường.
Khó khăn về
cơ sở vật chất đã vậy, lại càng khó khăn hơn nữa là đội ngũ Sư phạm chưa có
kinh nghiệm, cộng vào đó là với 17 lớp học sinh vào lớp 10 có điểm chuẩn thi vào lớp 10 thuộc
vào loại thấp nhất Thành phố. Về lực lượng,
học sinh gồm có 70% thuộc khu vực Quận 12, còn lại là Hóc Môn (20%) và Gò Vấp
(10%). Sau ba năm, trường đã hoàn chỉnh Ban Giám Hiệu gồm có ba thành viên.
Lúc này
trường có qui mô 45
lớp với 1971 học sinh đủ 3 khối lớp. Hội đồng sư phạm gồm 86 Thầy Cô giáo các bộ
môn và nhân viên. Với những khó khăn như trên, sau ba năm hoạt động, năm thứ ba
là khóa học sinh đầu tiên của trường thi tốt nghiệp, kết quả chỉ đạt 73,4%. Trường
lớp mới, chủ yếu là phòng học, còn trang thiết bị thì sơ sài nhưng nhờ lực lượng
sư phạm tâm huyết và lực lượng trẻ ham học hỏi, được sự quan tâm thường xuyên của
lãnh đạo Quận, sự quan tâm của Sở GD, sự cộng tác tích cực của lực lượng Cha mẹ
Học sinh, đồng thời trường đã tổ chức cho Thầy Cô giáo đến học tập kinh nghiệm
tại các trường bạn như Nguyễn Thượng Hiền, Nguyễn Thị Minh Khai ... nên sau năm
năm hoạt động, trường đã nhanh chóng hội nhập cùng các trường bạn trong khu vực.
Nhờ các yếu
tố trên nên đến khóa thứ ba, học sinh khối 12 trường thi tốt nghiệp từ chỉ đạt
73,2% năm thứ nhất đã vươn lên kết quả 97,2%, vào hạng khá của Thành phố. 
Trong thời
gian này, trường đã tham mưu và được sự ủng hộ của Quận nên đã được cấp thêm đất
xây dựng mở rộng trường để tăng cường hoạt động giáo dục toàn diện. Nhân dịp kỉ
niệm năm năm thành lập, được sự chuẩn thuận của Quận và Sở, trường đã đổi tên
THPT Hiệp Thành thành THPT Võ Trường Toản vào tháng 11 năm 2004.
Sau đó tiến
hành lập dự án để xây dựng mở rộng: khu thực hành thí nghiệm, khu thể dục thể
thao, hồ bơi... trên tổng diện tích của trường là 22.000m2
Tháng 11 năm 2004